Macross Delta เกิดขึ้นในปี 2067 แปดปีหลังจากเหตุการณ์ใน Macross Frontier เรื่องราวเน้นไปที่ Walküre ทีมไอดอลที่มีพรสวรรค์และ Delta Squadron ทีมของนักบิน Valkyrie ที่มีประสบการณ์ขณะที่พวกเขาต่อสู้กับ Var Syndrome ปรากฏการณ์ลึกลับที่กำลังแพร่กระจายไปทั่วกาแล็กซี่ รวมถึงทีมต่อสู้ Aerial Knights Valkyrie ของอาณาจักรแห่งสายลม ภาพยนตร์เรื่องนี้เป็นการรวบรวมฉากจากอนิเมะโทรทัศน์พร้อมกับฉากใหม่เพื่อเล่าเรื่องราวที่แตกต่างออกไป